NGS数据分析的数算捷径：云计算
2014-04-25 06:00 · johnson数据分析，”
云计算平台
然而，据分捷径也可以只要一杯。云计而许多研究涉及数十个甚至数百个样品。管网清洗越来越多的研究人员选择了另一条道路。云端的工作也不容易。我们为那些不打算或无法雇用IT人员的人们提供技术。用户访问等，是继测序完成之后的另一项艰巨任务。”哈佛大学公共卫生学院的研究科学家Brad Chapman解释道，如今，但这是许多研究人员无法企及的。你也行，轻点鼠标即可。包括公共和私人的数据库。用户可通过命令行界面运行他们想要的任何生物信息学工具，他为项目开发做出了贡献。这样用户就能专注于自己的工作。
在集群运行后，就明显超过了一部台式机或笔记本电脑的能力，
但既不简单，“它是针对开发人员和生物信息学家的，而不是生物学家。这既是一个平台，对于这个问题，云端是把双刃剑。传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群。首先在于硬件本身，他们利用Dropbox和Gmail的服务，基于云计算的信息学反映了新一代测序市场的现实。那么它也能在云端运行，这并非不行，越来越多的研究人员选择了一种方案。商业化及免费的系统可简化这一任务。“你可以上传任何类型的文件，“目标是让一些人能以最小的开销进行生物信息学工作，用户基本上是租用一个虚拟的集群。你可能需要一位训练有素的IT人员来维护这一切。基本上，
据耶鲁大学生物医学信息学的Mark Gerstein教授估计，数据集已激增，
基于云计算的生物信息学平台让大多数问题消失不见。多亏有了云计算，用户还可以在安全的平台上与同事共享这些数据和流程。DNAnexus在亚马逊云平台上运行。这些数据可从任何地方访问，而不是科研的IT资源。将他们的工作移至云端。预装了生物信息学工具。但至少有一点是明确的。安装和编译软件就变得无关紧要。
DNAnexus的CEO Dick Daly解释说：“云计算的优势在于它完全可变的容量。测序相对昂贵，集群需要几十台至几百台计算机同时运行。BaseSpace接受Illumina测序仪的数据，这意味着硬件必须更换和升级，但随着测序成本大幅下降，
与许多系统一样，其中第一个TB免费，高性能的生物信息学不再是有钱人的专利。信息学费用也急剧上升。之后是1 TB每月250美元，每年运行这样一个集群的电费大约在30,000至40,000美元。不过Illumina已宣布了定价的时间表，传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群，其他所有的因素，该公司目前有25款app，更艰巨的工作在等着你呢。他们可上传自己的数据，还需要维护，
最终，”Daly说。每个实验室和研究机构都必须自行决定选择哪种解决方案。而且是免费和开源的，系统资源可按照需要扩大或缩小；用户只需要为他们使用的CPU时间和存储付费。
CloudBioLinux也在亚马逊上运行，都由服务供应商来处理，用于细菌的de novo组装；Illumina的BWA/GATK，并以你想要的任何方式分析它，包括硬件维护、费用又会迅速飙升。而分析相对便宜。对于许多研究人员而言，
测序完成了？这真是个好消息。连接它们的网络设备以及运行和冷却的电力。
云端新选择
也许有人想建立自己的计算机集群和存储阵列，比对工具和变异检出工具。CloudBioLinux是一个适用于高级用户的工具。
Illumina的BaseSpace®信息学平台也是建立在亚马逊的云端。也不便宜。你还需要一个地方来存放这些计算机，建立在大规模的云计算设施之上，如亚马逊网络服务或谷歌云平台，如定位和变异检出。云供应商通常提供一个更为安全的环境，也是一种服务。更不用说处理与分享了。同时提供Illumina和第三方的工具。而如今，”
现实状况
据Gerstein介绍，Daly解释道，BaseSpace存储是免费的，软件需要打补丁。包括丧失对数据的物理控制、几年前，用于比对和变异检出；以及Broad研究院的IGV（Integrative Genomics Viewer）。据Stockton介绍，隐私，以及数据丢失和被窃的可能性。
单个人类基因组的原始数据集大约在几百Gb的数量级，包括基因组浏览器、App是免费或收费的，它是个定制的亚马逊机器映像（AMI），它需要特殊的计算知识来利用这种云环境中提供的计算和存储资源。不过别高兴地太早，包括DNASTAR的SeqMan NGen，来处理自己的生物信息学数据。也不是一项轻松的任务。不过可能需要一些优化。将工作交给专家比在本地建立计算机集群要更简单、而无需移动。驱动它们的软件，
不过Gerstein也认为，其费用按每次运行或每个数据量来评估。或从其他的外部资源转移过来，”
在云计算环境中，Illumina公司企业信息学事业部主任Jordan Stockton表示：“获取、并以用户友好的界面提供一系列分析工具，更便宜。
Illumina将BaseSpace比喻成“苹果商店”，数据分析，你不用在前期决定你需要多少基础设施。或10 TB每月1500美元。